Alors que Natsu avait réussi à mettre à jour les desseins de Zeleph et qu'on croyait la dernière bataille toucher à sa fin, le ciel s'est subitement fissuré ! Et alors qu'on croyait Acnologia prisonnier de l'interstice temporel dans lequel il avait été emprisonné, il a réapparu... Il est parvenu à dissocier son corps et son esprit, et c'est son corps qui commence à tout détruire autour de lui. Lucy et ses compagnons tentent alors le tout pour le tout !

L'ultime bataille contre Zeleph fait rage... C'est alors que le dragon maléfique, Acnologia, fait son apparition ! Erza, Wendy et Gerald sont face à un adversaire trop puissant pour eux, mais "quelqu'un" vient faire renaître l'espoir ! Cette personne prétend connaître un moyen d'anéantir Acnologia ! Pendant ce temps, Natsu se bat contre Zeleph. Cette fois, les deux frères iront jusqu'au bout ! Lequel des deux apportera la victoire à son camp ?! Et que se cache derrière le sort de "Neo Eclipse" que Zeleph tente de déclencher ?! La vérité va enfin éclater au grand jour !

Erza contre Eileen, le dramatique affrontement entre la fille et sa mère... Au même moment, Gildarts, l'homme le plus puissant de Fairy Tail fait face à August, le plus fort de tous les Spriggan Twelve ! Quant à Mavis, la fée stratège de guerre, elle s'active sur le front. Natsu, lui, avait perdu connaissance sous l'effet de la "graine du dragon" qui sommeillait dans son corps, mais il a recouvré ses esprits ! Enfin, Zeleph voit apparaître devant lui un guerrier couvert de blessures... Les mages de Fairy Tail livrent aujourd'hui une bataille acharnée pour préserver leur avenir... Le dénouement de l'ultime combat contre Zeleph et son armée approche !

L'ultime affrontement bat son plein et chaque camp se rend coup pour coup. Natsu voit son état de santé se dégrader brutalement ! Il erre dans les limbes de sa conscience à la recherche de sa "mémoire perdue"... Pendant ce temps, sur le front, la tension monte d'un cran. Rahkeid, capable de manipuler les désirs grâce à sa magie blanche, entre en scène et immobilise une grande partie des forces vives de Fairy Tail !

La guerre se joue sur un échiquier de plus en plus complexe, et un nouvel événement se produit ! Mavis, qui avait été capturée par Zeleph, est parvenue à s'enfuir... Elle est déterminée à retrouver sa guilde avec tous ses compagnons ! Mais au même moment, Natsu ressent un changement se produire en lui... La force maléfique qui sommeillait s'est réveillée et commence à apparaître au grand jour... Alors que Natsu part à la recherche de Zeleph, Grey se dresse sur son passage ! C'est le début d'un affrontement entre deux garçons dont les destins ont été bouleversés par le magicien noir !

Eileen a fait usage d'Universe One, un sort de compression qui a totalement redessiné la géographie de Fiore. Son objectif : écourter le conflit, en rapprochant Zeleph de Fairy Heart. Mavis qui se trouvait à Fairy Tail est aussitôt capturée. C'est alors qu'apparaît une petite fille qui se présente comme la "première fée".

La guilde de Fairy Tail livre de terribles combats pour repousser les très nombreuses troupes de l'armée d'Arbaless. Les mages réussissent à reprendre le port de Harujion, mais ils perdent d'autres positions stratégiques. C'est une guerre très incertaine où la situation change en permanence. C'est alors que Brandish, leur prisonnière, leur fait une étonnante proposition : être leur messagère auprès d'August, le plus puissant des Spriggan Twelve, pour tenter de négocier un retrait des troupes ennemies. Pour la guilde, c'est une lueur d'espoir inattendue, mais le plan va-t-il se dérouler comme prévu ?

La situation sur les différents fronts de Magnoria est pour le moins instable. Quatre Spriggan Twelve ont été vaincus, mais la tension est toujours à son maximum. Les membres de la guilde doivent continuer à se défendre contre ces mages d'une puissance hors normes. Au sud de Fiore, à Harujion, Wendy et Cherrya sont en grande difficulté face à Dimaria, la guerrière. Au même moment, Jacob, assassin auto-revendiqué, s'introduit au coeur de la guilde et fait disparaître tout le monde en un claquement de doigts !

Guidés par le destin, Natsu et Zeleph se livrent une terrible bataille ! La véritable identité de Natsu, un projet de grande envergure, Zeleph multiplie les révélations fracassantes ! Et Natsu qui perd soudainement connaissance... Pendant ce temps, la situation sur les champs de bataille évolue. Au sud, Lamia Scale et Mermaid Heel sont en grandes difficultés, et au nord, Saber Tooth et Blue Pegasus ont été contraintes de reculer face à un ennemi trop puissant. Enfin, à l'est, les Mages Sacrés ont pris part au combat, mais "l'Ange de la destruction" est lui aussi sorti de sa tanière ! 
La grande bataille finale de Ragnarok tient toutes ses promesses !

La grande armée de l'empire d'Arbaless conduite par les Douze Guerriers dévoués de Zeleph, les Spriggan Twelve, rue de toutes parts sur Magnoria ! À l'ouest, c'est Ajil qui est le premier à attaquer par les airs avec son vaisseau. Erza intervient pour l'arrêter, mais face à la magie très puissante du "roi des sables", elle éprouve de grandes difficultés et cela n'annonce rien de bon...

L'opération de sauvetage de Makarof, le grand maître de la guilde, a été un franc succès. Avec le retour de Luxus et de la bande à Raijin, la reformation de Fairy Tail est complète. Tous les membres sont maintenant solidaires et se préparent à la grande bataille qui les attend contre l'empire d'Arbaless de Zeleph. C'est alors que le premier maître, Mavis, apparaît devant eux...

Les membres de Fairy Tail tentent de reformer la guilde ! Parallèlement à cela, Natsu trouve les réponses aux deux grandes énigmes que sont « la vérité sur la dissolution de la guilde » et « les raisons de l'absence de Makarof ». Les révélations s'enchaînent et le voile est levé sur le secret le mieux gardé de Fairy Tail, un secret lié de très près au Gigantesque Royaume militaire d'Arbaless !

Natsu, Lucy, Happy et Grey partent affronter l'armée d'Avatar afin de l'empêcher de mettre son plan de purification à exécution ! Ils sont rapidement rejoints par Erza puis Wendy, Jubia et Carla. Le combat fait rage et Arlock, le maître d'Avatar réserve bien des surprises à nos amis. L'année passée à s'entraîner pour certains de nos héros se révèle payante et bientôt l'armée du Conseil, commandée par Gajil, peut arrêter les membres survivants d'Avatar. Ces retrouvailles permettent aussi de faire avancer le projet de remonter Fairy Tail, mais même si tous les anciens membres sont invités à rejoindre nos héros à Magnoria, combien seront au rendez-vous ?

Natsu, Lucy et Happy retrouvent Wendy et Carla à la guilde de Lamia Scale où elles ont trouvé refuge suite à la dissolution de Fairy Tail. Wendy est partagée entre l'envie de rejoindre nos héros et celle de rester avec les membres de sa nouvelle guilde... Quand une armée de monstres guidée par une guilde concurrente attaque la ville, Natsu et Lucy se joignent au combat pour tenter de sauver la situation.

Les derniers membres de Tartaros ne sont plus en état de se battre et Face est détruite. Fairy Tail remporte la victoire et parvient à empêcher la résurrection de E.N.D., l'ultime démon des livres de Zeleph ! Mais alors qu'Ignir va expliquer la raison de sa disparition à Natsu, Acnologia revient à lui et le combat entre les deux dragons reprend de plus belle ! 

Malgré la douleur et la perte de ses cinq sens, Erza ne lâche rien et continue de se battre contre Kyôka ! Le combat aérien opposant Ignir et Acnologia fait rage ! Rejoint par Sting et Rog, Natsu affronte le Roi de Enfers qui n'hésite pas à faire appel à certains de ses serviteurs avant de se montrer sous sa véritable forme ! Mais les membres de Fairy Tail ont, eux aussi, de nouveaux atouts dans leur manche ! Rien n'est perdu, même si le compte à rebours avant le déclenchement de Face continue...

Gajil et Natsu affrontent Trafzer et Tempester, même si les deux chasseurs de dragons sont plus résistants que la moyenne, les démons font une démonstration de l'étendue de leur puissance et prennent l'avantage ! Mais les membres de Fairy Tail ont de la ressource et sont pleins de surprise ! De plus, un invité inattendu vient perturber le plan de Mald Gheel avant d'être rejoint par un allié inespéré de nos héros! Les combats font rage sur terre comme dans les airs alors que la menace de Face plane toujours sur le royaume...

Face a été détruit, vraiment ? À leur réveil, Wendy et Carla découvrent la désespérante vérité, le combat est loin d'être terminé, il ne fait même que commencer ! Alors que les membres de Fairy Tail affrontent ceux de la Porte des Neuf Démons, Silver enlève Grey et le provoque en duel en lui révélant sa véritable identité et le terrible destin qui les lie l'un à l'autre ! Les deux mages de glace s'affrontent dans un terrible combat dont l'issue pourrait bien se jouer ailleurs et ne pas dépendre d'eux...

Face a été détruit mais le combat continue de faire rage entre les membres de Fairy Tail et ceux de Tartaros. L'équipe de la Porte des Neuf Démons est de la partie, chacun de nos héros doit faire de son mieux pour se débarrasser de ces redoutables adversaires. Mais quand le combat semble tourner à l'avantage de Fairy Tail, un nouveau membre de Tartaros entre dans la danse et change la donne ! Quand il n'y a plus qu'une Fée en état de se battre, a-t-elle la moindre chance face à des démons ?

Face est une bombe à impulsion dont l'explosion fera disparaître la magie de tout le continent... Les scellés qui l'enfermaient ont tous été levés ! Seule Fairy Tail peut encore tout arrêter ! Natsu, Erza, Mirajane et Lisana parviennent à se libérer et contre-attaquent, alors que le reste de la guilde passe à l'assaut de la base de Tartaros ! C'est à ce moment-là que Zeleph, le plus puissant des mages noirs, apparaît devant Natsu ! Tartaros n'est autre que sa bibliothèque... L'endroit où vivent les démons de ses livres. Quelle sera l'issue du combat à mort opposant Fairy Tail à Tartaros ?!

La violence des actes de Tartaros fait trembler le monde de la magie ! Ils n'en ont pas qu'après les conseillers actuels mais aussi après les anciens membres du Conseil. Pour éviter que la situation n'empire, Fairy Tail se charge de la protection de ces derniers. Envoyés à travers tout le pays, les membres de la guilde affrontent ceux de la Porte des Neuf Démons qui utilisent des « maléfices » surpassant la magie...

Les géants du Village du soleil sont sauvés et Frea est de retour chez elle ! Natsu et ses amis en profitent pour prendre un repos bien mérité chez Worlod avant de rentrer à Fairy Tail. De son côté Minerva rentre à Succubus Eye mais trouve les lieux ravagés et les autres membres de la guilde transformés en figurine... C'est le fait de Kyôka, un membre de Tartaros, qui cherche à renforcer la guilde clandestine ! Pendant ce temps le Conseil de la magie est la cible d'une attaque au cours de laquelle les neuf conseillers en place sont tués ! Tartaros menace la tranquillité du monde de la magie mais dans quel but ?!

Erza est redevenue une enfant en cherchant l'origine de la glace qui recouvre l'ensemble du village du Soleil et de ses habitants. Pendant ce temps, Natsu et les autres doivent affronter des chasseurs de trésors venus s'emparer de la Flamme éternelle, la divinité protectrice du village. Personne ne se doute encore que Minerva, qui a rejoint Succubus Eye, une guilde clandestine, ainsi que Frea sont également sur place... Les énigmes se multiplient dans le village, la principale étant : qui peut être assez puissant pour geler tout un village de cette façon ?!

Le combat opposant les dragons aux magiciens fait rage ! Le sacrifice d'Ultia ayant permis à ces derniers de faire face et de contre-attaquer ! C'est à cette occasion que Lucy découvre que la destruction de la porte pourrait arranger les choses... Mais deux questions se posent alors, comment détruire une porte construite en un matériau magique des plus résistants et surtout que se passera-t-il concrètement une fois la porte détruite ?